Hola, eso se debe a que algun archivo de arranque de windows este dañado o quizas cambiaste la configuración de booteo en la Bios de tu placa.
En caso de que se trate de la primera, te aconsejo de que lo formatees y si conoces Ubuntu que lo instales, pero, si no te tinca y quieres seguir con Windows te recomiendo que instales XP en vez de 98, yo he hecho correr xp en maquinas con PII y 256 en Ram. SI tienes un pc de poco rendimiento te aconsejo que te bajes este windows:
http://www.windowswolf.com/foro/?topic=6.0
es una version modificada de Windows XP, consume menos recursos, lo que hace que tu equipo no ande muy lento.
y en caso de que sea la segunda, al encender tu equipo entra en la Bios ( con F2 o la tecla Supr ), y en la seccion de arranque, selecciona el disco duro donde tienes instalado el SO.
Espero que te sirva, suerte
Chauu